طی سالهای دهه ی 1340 جریانات مبارز مذهبی به سوی عملیات مسلحانه رفتند. اولین گروه « هیئت های مؤتلفه ی اسلامی » بود. سوابق مبارزاتی برخی از اعضای موتلفه به سالهای 1320 الی 1332 و به زمان آیت الله کاشانی و فدائیان اسلام می رسید. برخی نیز در اوائل دهه ی 1340 و با شروع فعالیتهای سیاسی امام به این گروه پیوستند. به لحاظ اجتماعی اعضای این گروه بیشتر اصناف و کسبه ی جزء بازار تهران بودند و با تنی چند از روحانیون در ارتباط بودند، که رابط آنها حجت الاسلام محی الدین انواری بود. این گروه مبارزه مسلحانه را وسیله ای در جهت حذف فیزیکی دشمن می نگریستند. استراتژی مسلحانه همانند گروههای چپ اولین اقدام آنها که عملا آخرین اقدام آنها نیز شد، ترور حسنعلی منصور در بهمن 1343 بود. به فاصله چند هفته بعد از ترور کلیه اعضای موتلفه که حدود 20 نفر بودند شناسایی و دستگیر و چهار نفر از اعضای آنها بنام های محمد بخارایی، رضا صفار هرندی، مرتضی نیک نژاد و حاج صادق امانی اعدام شدند. سه نفر اول به دلیل مشارکت در قتل و امانی به دلیل رهبری گروه شامل این مجازات شدند. ما بقی رهبران موتلفه حاج مهدی عراقی، حاج هاشم امانی (برادر صادق امانی)، حبیب الله عسگر اولادی مسلمان، ابوالفضل حیدری، محمد تقی کلافچی و عباس مدرسی فر نیز به حبس ابد محکوم شدند. حجت الاسلام محی الدین انواری نیز به 15 سال زندان محکوم شد. گروه دیگری که به موازات مؤتلفه اما مستقل از آنها پا در این عرصه گذاشت حزب ملل اسلامی بود که در سال 1344 ساواک در عرض چند هفته کلیه ی اعضای آنها را دستگیر کرد. که سید کاظم بجنوردی رهبر گروه به حبس ابد محکوم گردید و ما بقی از جمله محمد میر محمد صادقی، ابو القاسم سرحدی زاده، سید محمودی، هاشم آیت الله زاده به حبس های سنگین محکوم شدند و حجت الاسلام شیخ محمد جواد حجتی کرمانی به ده سال زندان محکوم گردید و بالاخره برخی از اعضای موتلفه همچون سید اسدالله لاجوردی، صادق اسلامی، حاج مهدی شفیق،حاج مرتضی لاجوردی و حاج اسدالله بادامچیان به هنگام دستگیری مجازات سبک تری داشتند و مدتی بعد آزاد شدند.

امام خمینی در نجف اشرف